大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程

　　在此大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章中，我們將研究如何使用R Markdown。到最后，您將擁有從頭開始使用R Mardown制作文檔或演示文稿所需的技能!
 

　　我們將向您展示如何將默認(rèn)的R Markdown文檔轉(zhuǎn)換為您自己的有用參考指南。
 

　　R Markdown是用于在R中生成可復(fù)制報(bào)告的開源工具。它使您可以將所有代碼，結(jié)果，圖解和編寫都放在一個(gè)地方。當(dāng)您為對分析結(jié)果感興趣但對代碼結(jié)果不感興趣的受眾生成文檔時(shí)，R Markdown特別有用。
 

　　R Markdown之所以強(qiáng)大，是因?yàn)樗梢杂糜跀?shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)科學(xué)，與他人合作以及將結(jié)果傳達(dá)給決策者。使用R Markdown，您可以選擇將作品導(dǎo)出為多種格式，包括PDF，Microsoft Word，幻燈片或HTML文檔，以供網(wǎng)站使用。
 

　　我們將使用RStudio集成開發(fā)環(huán)境(IDE)生成我們的R Markdown參考指南。如果您想了解有關(guān)RStudio的更多信息，請查看我們的大數(shù)據(jù)分析R Markdown的使用技巧!
 

　　在AAA教育，我們喜歡使用R Markdown在R中進(jìn)行編碼和創(chuàng)作內(nèi)容。實(shí)際上，我們在R Markdown中撰寫了此大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章!此外，AAA教育平臺(tái)上的學(xué)習(xí)者使用R Markdown完成R項(xiàng)目。
 

　　我們在此大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章中包含了完全可復(fù)制的代碼示例。掌握了大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程的內(nèi)容之后，請查看我們有關(guān)R Markdown技巧，竅門和快捷方式的其他大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章。
 

　　好的，讓我們開始構(gòu)建自己的R Markdown參考文檔!
 

　　R Markdown指南和備忘單：快速導(dǎo)航
 

　　1.安裝R Markdown

　　2.默認(rèn)輸出格式

　　3. R Markdown文檔格式

　　4.節(jié)標(biāo)題

　　5.項(xiàng)目符號和編號列表

　　6.文字格式

　　7.鏈接

　　8.代碼塊

　　9.運(yùn)行代碼

　　10.使用代碼塊選項(xiàng)控制行為

　　11.內(nèi)聯(lián)代碼

　　12.導(dǎo)航部分和代碼塊

　　13.表格式

　　14.輸出格式選項(xiàng)

　　15.演講

　　16.添加目錄

　　17. RStudio Cloud的可重現(xiàn)報(bào)告
 

　　1.安裝R Markdown
 

　　R Markdown是一個(gè)免費(fèi)的開源工具，其安裝方式與其他R軟件包一樣。使用以下命令安裝R Markdown：

　　現(xiàn)在已經(jīng)安裝了R Markdown，通過導(dǎo)航到，在RStudio中打開一個(gè)新的R Markdown文件File > New File > R Markdown…。R Markdown文件的文件擴(kuò)展名為“ .Rmd”。
 

　　2.默認(rèn)輸出格式
 

　　在RStudio中打開新的R Markdown文件時(shí)，會(huì)出現(xiàn)一個(gè)彈出窗口，提示您選擇用于文檔的輸出格式。

　　默認(rèn)輸出格式是HTML。使用HTML，您可以輕松地在網(wǎng)絡(luò)瀏覽器中查看它。
 

　　我們建議暫時(shí)選擇默認(rèn)的HTML設(shè)置-這樣可以節(jié)省您的時(shí)間!為什么?因?yàn)榫幾gHTML文檔通常比生成PDF或其他格式更快。當(dāng)您接近成品時(shí)，可以將輸出更改為您選擇的格式，然后進(jìn)行最后的修飾。
 

　　最后要注意的一點(diǎn)是，您在上面的彈出窗口中給文檔提供的標(biāo)題不是文件名!導(dǎo)航到File > Save As..命名并保存文檔。
 

　　3. R Markdown文檔格式
 

　　選擇所需的輸出格式后，R Markdown文檔將出現(xiàn)在RStudio窗格中。但是與空白的R腳本不同，該.Rmd文檔包含一些乍一看似乎很奇怪的格式。讓我們分解一下。
 

　　我們重點(diǎn)介紹了R Markdown文檔的六個(gè)不同部分，以了解發(fā)生了什么：
 

　　1）YAML標(biāo)頭：控制應(yīng)用于整個(gè)文檔的某些輸出設(shè)置。
 

　　2）代碼塊：包括要運(yùn)行的代碼以及與代碼相關(guān)的選項(xiàng)。
 

　　3）正文：用于將結(jié)果和發(fā)現(xiàn)傳達(dá)給目標(biāo)受眾。
 

　　4）生成表的代碼：以最小的格式輸出表，就像在控制臺(tái)中看到的那樣。
 

　　5）節(jié)標(biāo)題：用指定##。
 

　　6）生成繪圖的代碼：輸出繪圖。這里，由于echo=FALSE指定了參數(shù)，因此將不包含用于生成圖的代碼。這是一個(gè)塊選項(xiàng)。我們將盡快介紹塊選項(xiàng)!

　　該文檔可以按原樣輸出。讓我們“編織”或輸出文檔，以查看這些格式規(guī)范在渲染文檔中的外觀。我們在RStudio中通過單擊“編織”按鈕來執(zhí)行此操作。編織文檔會(huì)生成一個(gè)HTML文檔，因?yàn)檫@是我們指定的輸出格式。
 

　　編織文檔的快捷方式是Command + Shift + K在Mac或Ctrl + Shift + KLinux和Windows上。“ k”是“編織”的縮寫!

　　上圖顯示了左側(cè)的R Markdown文檔在輸出為HTML時(shí)的外觀(右側(cè))。
 

　　請注意，RStudio中的默認(rèn).Rmd文件包括有關(guān)格式化R Markdown文檔的有用指南。我們將大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程檔另存為，RMarkdown_Guide.Rmd以便在本教程中逐步進(jìn)行添加。我們在YAML標(biāo)頭中為文檔指定了標(biāo)題“ R Markdown指南”。我們鼓勵(lì)您這樣做，以便您可以建立自己的R Markdown參考指南!
 

　　注意：如果您在RStudio之外的R Markdown中工作，請使用該功能rmarkdown::render()編譯文檔。用引號提供文檔名稱作為函數(shù)參數(shù)。例如：
 

　　4.節(jié)標(biāo)題
 

　　接下來，我們將介紹.Rmd文件中文本格式的基礎(chǔ)知識(shí)。R Markdown文件是用Markdown編寫的純文本文件，它是一種格式語法。我們從節(jié)標(biāo)題開始。
 

　　請注意，在默認(rèn)的.Rmd文件中，文檔中有兩個(gè)部分：R Markdown和Inclusion Plots。由于是雙井號(##)，因此它們是第二級標(biāo)題。讓我們在Guide中創(chuàng)建一個(gè)新的二級標(biāo)題，方法Text Formatting Basics是輸入：

　　在此之后加上一個(gè)名為的三級標(biāo)題Headers，如下所示：
 

　　我們將使用第一，第二和第三級標(biāo)題的語法要求來構(gòu)建指南。我們希望我們的指南顯示代碼以生成標(biāo)頭。
 

　　因此，要將標(biāo)題的格式要求添加到我們的指南中，請?zhí)砑右韵聝?nèi)容：
 

　　# First Level Header

　　## Second Level Header

　　### Third Level Header
 

　　提示：在每行代碼之間插入空白行，以在輸出時(shí)將它們分開。并且在相鄰但彼此不同的格式元素之間始終至少有一個(gè)空白行，例如節(jié)標(biāo)題和正文。
 

　　.Rmd文檔和輸出如下所示：

　　在上圖中，我們看到了第二和第三級標(biāo)題在呈現(xiàn)時(shí)的外觀。我們還指定了語法與創(chuàng)建標(biāo)題#，##或###。這是一個(gè)很好的例子，說明了R Markdown中的格式多么簡單卻功能強(qiáng)大。
 

　　如果您不希望標(biāo)題在最終輸出中呈現(xiàn)為標(biāo)題，則將代碼包裝在這樣的反引號中，以將文本設(shè)置為代碼格式：

　　5.項(xiàng)目符號和編號列表
 

　　現(xiàn)在，我們將創(chuàng)建一個(gè)名為“ 項(xiàng)目符號列表和編號列表”的新三級標(biāo)題，并在“指南”中鍵入以下內(nèi)容以生成無序列表：

　　事實(shí)上，人物*，-并且+產(chǎn)生無序列表項(xiàng)的所有工作。
 

　　這是編號列表所需的語法：

　　數(shù)字會(huì)自動(dòng)遞增，因此我們只需輸入“ 1.”。如果我們曾經(jīng)添加或刪除項(xiàng)目，那就太好了，因?yàn)槲覀儾槐負(fù)?dān)心重新編號!
 

　　也可以組合編號和無序列表。點(diǎn)擊tab兩次以縮進(jìn)無序的項(xiàng)目符號：

　　這是在我們的指南和輸出中這種格式的外觀的并排視圖：

　　6.文字格式
 

　　我們將通過添加基大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程本格式來繼續(xù)構(gòu)建《 R Markdown指南》。創(chuàng)建一個(gè)新的名為文本格式的第三級標(biāo)題，然后復(fù)制或鍵入以下內(nèi)容：

　　呈現(xiàn)時(shí)的外觀如下：

　　7.鏈接
 

　　R Markdown可以輕松鏈接到網(wǎng)站和圖像。在本指南的稱為鏈接的這一部分中，我們記錄了以下內(nèi)容：

　　這是HTML輸出：

　　8.代碼塊
 

　　要在R Markdown中運(yùn)行代碼塊，請使用代碼塊。使用以下命令插入新的代碼塊：
 

　　1)Command + Option + I在Mac或Ctrl + Alt + ILinux和Windows上。

　　2)另一個(gè)選項(xiàng)是工具欄中的“插入”下拉圖標(biāo)，然后選擇R。
 

　　我們建議您學(xué)習(xí)快捷方式以節(jié)省時(shí)間!我們將在稍后的《 R Markdown指南》中插入一個(gè)新的代碼塊。
 

　　9.運(yùn)行代碼
 

　　RStudio在工具欄的“運(yùn)行”下拉選項(xiàng)卡中提供了許多用于運(yùn)行代碼塊的選項(xiàng)：

　　在運(yùn)行代碼塊之前，通常最好重新啟動(dòng)R會(huì)話并從干凈的環(huán)境開始。Command + Shift + F10在Mac或Control + Shift + F10Linux和Windows 上執(zhí)行此操作。
 

　　為了節(jié)省時(shí)間，值得學(xué)習(xí)以下運(yùn)行代碼的快捷方式：
 

　　1)Command + Option + P在Mac或Ctrl + Alt + PLinux和Windows上，運(yùn)行高于當(dāng)前塊的所有塊。

　　2)在Mac 上Command + Option + C或Command + Shift + Enter在Mac上運(yùn)行當(dāng)前塊。在Linux和Windows上，使用Ctrl + Alt + C或Ctrl + Shift + Enter運(yùn)行當(dāng)前塊。

　　3)Command + Option + N在Mac或Ctrl + Alt + NLinux和Windows 上運(yùn)行下一個(gè)塊。

　　4)在Mac 上Command + Option + R或Command + A + Enter在Mac上運(yùn)行所有塊。在Linux和Windows上，使用Ctrl + Alt + R或Ctrl + A + Enter運(yùn)行所有塊。
 

　　10.使用代碼塊選項(xiàng)控制行為
 

　　R Markdown的一大優(yōu)點(diǎn)是您有許多選擇來控制如何評估和呈現(xiàn)每個(gè)代碼塊。這使您可以從頭開始構(gòu)建演示文稿和報(bào)告(包括代碼，圖表，表格和圖像)，同時(shí)僅向目標(biāo)受眾展示基本信息。例如，您可以包含結(jié)果圖，而不顯示用于生成結(jié)果的代碼。
 

　　掌握代碼塊選項(xiàng)對于成為熟練的R Markdown用戶至關(guān)重要。學(xué)習(xí)塊選項(xiàng)的最佳方法是在報(bào)表中根據(jù)需要嘗試它們，因此現(xiàn)在不必?fù)?dān)心記住所有這些。以下是要學(xué)習(xí)的關(guān)鍵塊選項(xiàng)：
 

　　1)echo = FALSE：不要在輸出中顯示代碼，而是運(yùn)行代碼并生成所有輸出，曲線圖，警告和消息。在下面的圖像中生成圖的代碼塊就是一個(gè)例子。

　　2)eval = FALSE：顯示代碼，但不對其進(jìn)行評估。

　　3)fig.show = "hide"：隱藏圖。

　　4)include = FALSE：運(yùn)行代碼，但不顯示所有輸出。這對于設(shè)置代碼很有幫助。您可以在下面的圖像的頂部代碼塊中看到一個(gè)示例。

　　5)message = FALSE：防止軟件包在加載時(shí)打印消息。這也抑制了函數(shù)生成的消息。

　　6)results = "hide"：隱藏打印輸出。

　　7)warning = FALSE：防止軟件包和功能顯示警告。

　　11.內(nèi)聯(lián)代碼
 

　　使用內(nèi)聯(lián)代碼將R代碼直接嵌入到R Markdown文檔中。當(dāng)您要在書面摘要中包含有關(guān)數(shù)據(jù)的信息時(shí)，這很有用。我們將在《 R Markdown指南》中添加一些內(nèi)聯(lián)代碼示例，以說明其工作方式。
 

　　將內(nèi)聯(lián)代碼與一起使用，r并添加代碼以在反引號內(nèi)進(jìn)行評估。例如，以下是我們可以總結(jié)carsR內(nèi)置的數(shù)據(jù)集中的行數(shù)和列數(shù)的方法：

　　這是一個(gè)側(cè)視圖，比較了R Markdown和HTML輸出中的外觀：

　　上面的示例突出顯示了如何通過以編程方式匯總信息來減少報(bào)告中的錯(cuò)誤。如果我們更改數(shù)據(jù)集并更改行數(shù)和列數(shù)，則只需重新運(yùn)行代碼即可獲得準(zhǔn)確的結(jié)果。這比嘗試記住文檔中需要更新結(jié)果，確定新數(shù)字并手動(dòng)更改結(jié)果的方法要好得多。R Markdown功能強(qiáng)大，因?yàn)樗梢怨?jié)省時(shí)間并提高報(bào)告的質(zhì)量和準(zhǔn)確性。
 

　　12.導(dǎo)航部分和代碼塊
 

　　命名代碼塊對于具有許多塊的長文檔很有用。使用R代碼塊，將塊命名為：{r my_boring_chunk_name}。
 

　　使用命名的代碼塊，您可以在R Markdown窗口窗格底部的導(dǎo)航器中的塊之間導(dǎo)航。這也可以使圖易于按名稱標(biāo)識(shí)，因此可以在文檔的其他部分中使用它們。該導(dǎo)航器對于快速跳轉(zhuǎn)到文檔的另一部分也很有用。
 

　　這是我們在R Markdown指南的導(dǎo)航器中看到的內(nèi)容：

　　13.表格式
 

　　如大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程前面所述，默認(rèn)情況下，R Markdown中的表在您在R控制臺(tái)中顯示時(shí)會(huì)顯示出來。要提高R Markdown文檔中表格的美觀度，請使用函數(shù)knitr::kable()。這是一個(gè)例子：

　　這是在我們的指南中的外觀以及渲染時(shí)的外觀：

　　在R Markdown中還有許多其他用于創(chuàng)建表的軟件包。
 

　　請注意：格式化表格可能非常耗時(shí)。我們建議您在學(xué)習(xí)R Markdown時(shí)先堅(jiān)持基礎(chǔ)知識(shí)。隨著您技能的提高和表格格式需求的顯現(xiàn)，請根據(jù)需要咨詢其他軟件包。
 

　　14.輸出格式選項(xiàng)
 

　　現(xiàn)在，我們對如何格式化R Markdown文檔有了深入的了解，讓我們討論格式化選項(xiàng)。YAML標(biāo)頭中指定了適用于整個(gè)文檔的格式選項(xiàng)。R Markdown支持多種類型的輸出格式。
 

　　YAML標(biāo)頭中指定的元數(shù)據(jù)控制輸出。單個(gè)R Markdown文檔可以支持多種輸出格式?；叵胍幌?，渲染為HTML通常比PDF更快。如果要以HTML預(yù)覽文檔，但最終將文檔輸出為PDF，請注釋掉PDF規(guī)范，直到需要它們?yōu)橹梗缦滤荆?/p>

　　如您在此處看到的，我們還包含了將R Markdown指南作為演示輸出所需的元數(shù)據(jù)。
 

　　15.演講
 

　　該rmarkdown軟件包支持四種類型的演示。還可以使用其他R軟件包，例如manifestjs，它們可以擴(kuò)展R Markdown的功能。我們將簡要概述R Markdown內(nèi)置的演示文稿格式，然后看一個(gè)示例。
 

　　四個(gè)演示選項(xiàng)及其輸出的格式為：
 

　　1)beamer_presentation：PDF

　　2)ioslides_presentation：HTML

　　3)powerpoint_presentation：Microsoft Powerpoint

　　4)slidy_presentation：HTML
 

　　讓我們將《 R Markdown指南》轉(zhuǎn)換為ioslides演示文稿。ioslides選項(xiàng)可編譯為HTML，例如，對于通過屏幕共享的遠(yuǎn)程會(huì)議期間的演示文稿很有用。我們使用將該指南轉(zhuǎn)換為ioslides演示文稿output: ioslides_presentation。
 

　　請注意，我們“注釋掉”了HTML和PDF格式選項(xiàng)，以便在編譯文檔時(shí)將其忽略。這是使其他輸出選項(xiàng)可用的一種便捷技術(shù)。
 

　　進(jìn)行編織時(shí)，將出現(xiàn)R Markdown指南和HTML演示文稿，每個(gè)第二級標(biāo)題都標(biāo)記了新幻燈片的開始。除我們的“文本格式設(shè)置基礎(chǔ)”部分中包含一些第三級標(biāo)題部分外，此方法效果很好。

　　為了通過手動(dòng)換行符解決這種情況，我們***需要在每個(gè)第三級標(biāo)題之前插入，如下所示：

　　這會(huì)將“列表或編號列表”移至其自己的幻燈片：

　　16.添加目錄
 

　　您會(huì)注意到，此大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章包含一個(gè)目錄。您可能還記得我們在R Markdown中撰寫了此大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章。我們在此大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章中添加了目錄，并在YAML標(biāo)頭中添加了一行代碼toc: true?？雌饋硎沁@樣的：

　　注意每個(gè)級別使用的縮進(jìn)，并且不要忘記添加:after html_document!
 

　　17. RStudio Cloud的可重現(xiàn)報(bào)告
 

　　您在這里學(xué)到的所有內(nèi)容都可以應(yīng)用到名為RStudio Cloud的基于云的RStudio Desktop版本上。RStudio Cloud使您無需安裝軟件即可生成R Markdown的報(bào)告和演示，只需要一個(gè)Web瀏覽器。
 

　　RStudio Cloud中的工作被組織到類似于桌面版本的項(xiàng)目中，但是RStudio Cloud使您可以指定希望用于每個(gè)項(xiàng)目的R版本。
 

　　RStudio Cloud還可以輕松，安全地與同事共享項(xiàng)目，并確保每次訪問項(xiàng)目時(shí)都能完全再現(xiàn)工作環(huán)境。這對于在R Markdown中編寫可重復(fù)的報(bào)告特別有用!
 

　　如您所見，RStudio Cloud的布局與在RStudio桌面中編寫R Markdown文檔非常相似：

　　在RStudio Cloud中使用R Markdown需要某些軟件包。首次在RStudio Cloud中打開新的R Markdown文檔時(shí)，程序會(huì)提示您是否要安裝所需的軟件包：

　　安裝軟件包后，您就可以立即創(chuàng)建和編織R Markdown文檔!
 

　　獎(jiǎng)勵(lì)：R Markdown備忘單
 

　　RStudio已發(fā)布了許多與R一起使用的備忘單，包括有關(guān)使用R Markdown的詳細(xì)備忘單!通過選擇，可以從RStudio中訪問R Markdown備忘單Help > Cheatsheets > R Markdown Cheat Sheet。